第四次忍界大战后，世界维持着和平，可是当和平变成了表面上的假象，斗争便又开始暗滩，欧阳少阳机缘巧合成为了佐助的弟子，抱着自己的信念走上了忍者之路。不明组织相继现身，世界再次被辉夜的力量笼罩，佐助将漩涡鸣人的力量也传给了欧阳少阳，让欧阳少阳能创立忍宗，成为一股维护世界和平的强大力量。时隔三千年，已经不问世事的宇智波与漩涡一族又再现身，忍者的世界再度风云变幻。